Jedinečnost aquaponicky vypěstované zeleniny spočívá především v její bio kvalitě. A to tím, že při jejím pěstování se nepoužívají žádná umělá hnojiva ani chemické postřiky.
Přínosem však není jenom produkce, aquaponie má výhody v širším slova smyslu. Je to přirozený koloběh. V konvenčním zemědělství je nutné půdu předzásobit živinami, přihnojovat atd., přičemž v aquaponii se nemusí používat těžká agrotechnika jako po orné půdě, která čím dál více ubývá a je znehodnocena. Půda jako taková obsahuje i těžké kovy a je znečištěna, kdežto v aquaponickém systému k tomuto nedochází.
V aquaponii dochází k dokonalému využití prostoru a plochy oproti konvenčnímu pěstování v půdě, kde jsme nuceni pěstovat pouze v sezóně a hrozí nám, že o úrodu přijdeme kvůli napadení škůdci, chorobám, vlivem sucha nebo naopak záplav.